依據中小企業研發支出投資抵減辦法[請按下方按鍵下載] 第12條規定，中小企業2016年研究發展支出欲適用投資抵減者，已開始申請，並提醒應在5月底前，檢具相關資料，向中央目的事業主管機關(工業局)，申請研究發展活動的認定。 

申請適用研究發展投資抵減之公司，應符 合下列資格條件： 一、依公司法設立之公司。 二、最近三年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生 相關法律且情節重大。

檢具相關資料，包括: 中小企業的組織系統圖及研究人員名冊、研發單位研究用的消耗性器材或材料及樣品紀錄，或是購置使用專利權、資料庫、軟體程式、系統的契約或其他有關證明文件等。 若是中小企業有委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員的費用；或是中小企業與國內、外公司共同研究發展的支出須申請專案認定者，應與研究發展活動認定的申請案併案向主管機關提出申請。 

中央目的事業主管機關，於收件後並於申報期間截止日後七個月內，將審查結果送交中小企業的公司登記所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額，但如有特殊事由，主管機關可延長審查期間二個月，並通知在地稅捐稽徵機關。 

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